根系分析系統是一套用于洗根后的根系分析系統，可以分析根系長度、直徑、面積、體積、根尖記數等，操作簡單，軟件可分析植物根系的形態，色彩、分級伸展分析及根系的整體結構分布等等。廣泛運用于根系形態和構造研究。
根系分析系統儀器原理：
根系分析系統利用高質量圖形掃描儀獲取高分辨率植物根系彩色圖像或黑白圖像，該掃描儀在掃描面板下方和上蓋中安裝有專門的雙光源照明系統，并且在掃面板上預留了雙光源校準區域。此外，還配備有不同尺寸的專用、高透明度根系放置盤。掃描時，掃面板下的光源和上蓋板中的光源同時掃過高透明度根盤中的根系樣品，這樣可以避免根系掃描時容易產生的陰影和不均勻等現象的影響，有效地保證了獲取的圖像質量。
根系分析系統軟件可以讀取TIFF，JPEG標準格式的圖像。針對獲取的圖像，對掃描獲得的高質量根系圖像進行分析。采用非統計學方法測量計算出交叉重疊部分根系長度、直徑、面積、體積、根尖等基本的形態學參數；利用軟件的色彩等級分析功能，還可以對根系顏色進行分析，從而進行根系存活數量、根系生長和營養狀況等方面研究；利用軟件的分析功能，還可以對完整的植物根系圖像進行根系連接分析（研究根系分支角度、連通性等形態特征）、根系拓撲分析（研究根系連接數量、路徑長度）和根系分級伸展分析（記錄根系整體等級分布情況）。從而滿足研究者針對植物根系不同類別和層次的研究。
儀器組成：圖像撲捉系統：經過廠家調試的標準根系掃描設備，匹配專門的光源、具有校正特點、根系固定裝置等、根系分析系統：基本版 /標準版 /專業版WinRHIZO分析軟件、說明書、電腦。
